Johannes Rach meninggal tanggal 4 Agustus 1783 di Batavia, di rumahnya di Roea Malakka (masih disebut Roa Malacca saat ini). Di sana ia memiliki rumah tangga yang nyaman karena posisinya di masyarakat, termasuk di dalamnya satu regu budak domestik, kuda dan kereta kuda. Setelah ia meninggal, ia meninggalkan warisan yang cukup besar untuk istri dan putrinya di Amsterdam. Johannes Rach dimakamkan di makam Gereja Belanda yang sekarang merupakan lokasi Taman Fatahillah. Walaupun ia merupakan anggota Gereja Reform, namun ia meminta pastor Lutheran dan temannya sesama pelukis gedung, Jan Brandes untuk menemaninya di samping tempat tidurnya pada saat-saat terakhirnya. Pada zaman itu, Gereja Lutheran dan Reform merupakan dua agama Protestan yang berbeda. Johannes yang berasal dari Denmark yang mayoritas adalah Lutheran, semestinya dibesarkan secara Lutheran. Ketika ia tiba di Batavia tahun 1762, Gereja Reform adalah satu-satunya agama resmi dan memimpin. Hanya pada akhir-akhir hayatnya gereja Lutheran diperbolehkan (ajaran Lutheran pertama kali tiba tahun 1746). Karena kesempatan kerja untuk jemaat anggota Gereja Reform lebih banyak, maka pendatang baru biasanya bergabung dengan Gereja Reform Belanda, meskipun mereka dari ajaran agama yang berbeda. Karena Johannes juga melakukan hal yang sama, hal tersebut mengindikasikan bahwa ia mementingkan karier lebih daripada ajaran/denominasi agama, paling tidak selama ia hidup.